محمدجواد ظریف، وزیر خارجه ایران، در نامه‌ای به آنتونیو گوترش، دبیرکل سازمان ملل، از حادثه در تاسیسات اتمی نطنز به عنوان «جنایت جنگی» نام برده و با اشاره به «ریسک بالای انتشار بالقوه مواد رادیواکتیو» در این تاسیسات، این حادثه را «خرابکاری خطرناک و غیرمسئولانه» خواند.

او همچنین توضیح داده که سازمان انرژی اتمی ایران پس از حادثه موفق به «مهار آلودگی» شده، در غیر این صورت «فاجعه انسانی و زیست‌محیطی» رخ می‌داد.

پیش از این علی‌اکبر صالحی، رئيس سازمان انرژی اتمی ایران نیز به این موضوع اشاره کرده، ولی جزئیاتی درباره آن ارائه نداده بود.

وزیر خارجه ایران در نامه خود که روز دوشنبه، ۲۳ فروردین‌ماه، منتشر شد همچنین خواستار محکومیت این اقدام از سوی دیگر کشورها شده و نوشته است «هر قدرتی» که از این ماجرا مطلع بوده، «باید به عنوان شریک جرم این جنایت جنگی، مسئول شناخته شود».

کاظم غریب‌آبادی، نماینده ایران در آژانس بین‌المللی انرژی اتمی، نیز گفته است ایران به این آژانس نامه داده و خواستار محکومیت این حادثه به عنوان «اقدام تروریستی» شده است.

آقای غریب‌آبادی که در یک برنامه تلویزیونی سخن می‌گفت، مسئولیت این اقدام را متوجه اسرائیل و «حامیان» آن دانست.

محمدجواد ظریف نیز در نامه خود چندین بار به نقش اسرائیل در اقدام علیه برنامه هسته‌ای ایران اشاره کرده، ولی گفته است «تحقیقاتی فراگیر در خصوص این خرابکاری و عاملان آن در جریان است» و «ایران از هرگونه قضاوت نهایی در خصوص عامل این اقدام خودداری کرده» است.

در واکنشی دیگر، علی ربیعی، سخنگوی دولت ایران گفته است این حادثه «خسارت‌هایی را به همراه آورد» و «شواهد قوی» درباره نقش اسرائيل در این حادثه وجود دارد.

او همچنین گفت که «خرابکاری در کانال کابل‌های برق‌رسان به سامانه ماشین‌های سانتریفیوژ رخ داد» ولی اقدامات جبرانی در حال انجام است.

پس از حادثه نطنز، روزنامه نیویورک تایمز در گزارشی نوشت بر اثر این رخداد ضربه شدیدی به توانایی ایران در غنی‌سازی اورانیوم وارد آمده و ارزیابی‌ها حاکی از آن است که ایران برای بازگشت به نقطه پیش از این انفجار دست‌کم ۹ ماه زمان لازم دارد.