مقامات جمهوری اسلامی حتی با وجود رد صلاحیت گسترده نامزدها به وسیله شورای نگهبان، تاکید دارند که انتخابات در ایران آزاد است. در مقابل منتقدان می‌گویند انتخابات در ایران به دلایل مختلف،‌‌ از آزادی لازم برخوردار نیست.

در سال ۱۳۸۴ اغلب نظرسنجی‌ها نشان می‌داد که انتخابات به دور دوم خواهد رفت. آن انتخابات را دولت محمد خاتمی برگزار کرد و در مرحله نخست، اعلام شد که محمود احمدی نژاد به همراه اکبر هاشمی رفسنجانی به دور دوم انتخابات رفته‌اند. مهدی کروبی خشمگین از این نتایج مدعی شد که در نتایج دور اول دستکاری شده و آرای او با محمود احمدی نژاد عوض شده است. او حتی مدعی شد که در این تغییرات بسیج و نهادهای زیر نظر رهبر و فرزند او مجتبی خامنه‌ای نقش داشته‌اند. محمود احمدی نژاد یک هفته بعد، با اختلاف پیروز انتخابات دور دوم شد.

در سال ۱۳۸۸ نیز شمارش و نتایج آرا با مناقشه همراه بود. تنها چند ساعت بعد از برگزاری انتخابات در ۲۲ خرداد ۸۸، ناگهان وزارت کشور دولت محمود احمدی نژاد او را پیروز انتخابات معرفی کرد. حامیان موسوی و کروبی به این نتایج اعتراض کردند و درگیری حکومت و معترضان تا ماه‌ها ادامه داشت.

محسن سازگارا، فعال سیاسی و تحلیلگر مسائل ایران، معتقد است که آیت الله خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، مهندسی انتخابات را از چند طریق انجام می‌دهد.

آقای سازگارا، که خود او نیز در انتخابات سال ۱۳۸۰ نامزد و رد صلاحیت شده بود، می‌گوید در گام نخست شورای نگهبان بعد از بررسی نامزدها فهرست آنها را نزد خامنه‌ای می‌برد تا او در نهایت اجازه دهد که چه کسی تأیید و چه کسی رد صلاحیت شود. آقای سازگارا با بیان این که خامنه‌ای نه تنها در انتخابات ریاست جمهوری بلکه در انتخابات مجلس نیز چنین عمل می‌کند، به رد صلاحیت سه هزار نفر در انتخابات مجلس هفتم اشاره کرد، و گفت، در شرایطی که خامنه‌ای شخصاً نامزدها را نشناسد، دستگاه‌های اطلاعاتی و امنیتی به او گزارش می‌دهند.

به گفته آقای سازگارا، این نخستین قدم در مهندسی انتخابات است که یک گروه را دست‌چین می‌کنند تا مردم از میان‌ آنها فرد یا افرادی را انتخاب کنند.