آیتالله علی خامنهای در سه دهه حکمرانی در ایران با اعتراضات فراوانی رو به رو بوده است از جمله شورش مشهد، اعتراضات قزوین، تظاهرات شیراز و اراک که جملگی در اوایل دهه ۷۰ خورشیدی اتفاق افتاد. هر چند اعتراضات دیگری هم در دوره ای که حکومت کنترل کاملی بر رسانه ها داشته رخ داده که چندان به عرصه عمومی کشیده نشده و ایرانیان از آن مطلع نشدند.
آنچه اکنون از واکنش آقای خامنهای در این موارد مشخص شده، همگی به رسمیت نشناختن معترضان و فرمان سرکوب شهروندان بوده است.
اعتراضات به شیوه حکمرانی خامنهای و اداره ایران از تیرماه ۱۳۷۸ وارد مرحله فراگیرتر از آنی شد که بتوان آن را از چشم ها مخفی کرد و سانسور موفقی بر آن اعمال داشت. این اعتراضات در اوج «بهار مطبوعات» بعد از انقلاب بهمن ۵۷ یا گشایش موقف فضای رسانه ها بود که در بهار ۱۳۷۸ به فرمان رهبر کنونی سرکوب شد.
اعتراضات ۷۸: «مفسد، محارب، زبون»
آقای خامنه ای در جریان حمله به کوی دانشگاه تهران در تیر ۱۳۷۸ ابتدا یک سخنرانی از محل دفتر رهبری انجام داد: «دشمنان اصلی ما در سازمانهای جاسوسی، طراحان این قضایا هستند. این پولی که مجلس آمریکا تصویب کرد که باید برای مبارزه با نظام ایران صرف شود، این پول و چندین برابر این پولها کجا مصرف شد؟! معلوم است؛ برای همینطور طراحیهایی مصرف میشود؛ شکی نیست».
پس از این سخنرانی، آیت الله خامنه ای پیامی مکتوب خطاب به نهادهای امنیتی و نیروهای مسلح صادر کرد: «دو روز است که جمعی از اشرار با کمک و همراهىِ برخی از گروهکهای سیاسىِ ورشکسته و با تشویق و پشتیبانی دشمنان خارجی در سطح تهران، به فساد و تخریب اموال، و ارعاب و عربدهجویی پرداخته و موجب سلب امنیت و آسایش مردم شدهاند… غافل از این که ملت مؤمن و شجاع و هوشیار به آنان و اربابان و پشتیبانان آنان اجازه ادامه شرارت را نخواهند داد و نظامِ مقتدر اسلامی، آنان را بهشدت منکوب خواهد کرد… به مسئولان در دولت و به خصوص مسئولان امنیت عمومی تاکید شده است که با درایت و قدرت، عناصر مفسد و محارب را بر جای خود بنشانند… فرزندان بسیجیام باید آمادگیهای لازم را در خود حفظ کنند و با حضور خود در هر صحنهای که حضور آنان در آن لازم است، دشمنان زبون را مرعوب و منکوب سازند.»
اعتراضات ۸۸: «بدخواهان» و «مزدوران»
آیتالله خامنه ای در جریان اعتراضات به نتایج انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ در خطبه های نماز جمعه تهران گفت: «عوامل عناصر خارجی به کار افتادند و خط تخریب خیابانی شروع شد… این ربطی به مردم و طرفداران نامزدها ندارد، این مال بدخواهان است، مال مزدوران است، مال دستنشاندگان سرویسهای جاسوسی غربی و صهیونیست است… اگر نخبگان سیاسی بخواهند قانون را زیر پا بگذارند، یا برای اصلاح ابرو، چشم را کور کنند، چه بخواهند، چه نخواهند، مسئول خونها و خشونتها و هرج و مرجها، آنهایند… اگر خاتمه ندهند، آنوقت مسئولیت تبعات آن، هرج و مرج آن، به عهده آنهاست.»
اعتراضات ۹۶: «مزدور» و «دشنام دهنده به قرآن»
آقای خامنه ای در واکنش به اعتراضات دی ۹۶ که ابتدا از سوی مال باختگان موسسه های مالی و اعتباری در مشهد شروع شد و سپس به ۱۶۰ شهر ایران کشیده شد، در یک سخنرانی در مقر دفتر رهبری، معترضان را «مزدور» خواند: «اینکه یک عدّهای از این تجمّع [تجمع مالباختگان] و از این انگیزه سوءاستفاده کنند و بیایند به قرآن دشنام بدهند، به اسلام دشنام بدهند، به پرچم اهانت کنند، مسجد را بسوزانند، تخریب کنند، آتش بزنند، یک حرف دیگر است.»
اعتراضات ۹۸: «اشرار» و «انسان های ناباب»
آقای خامنهای در جریان اعتراضات آبان ۹۸ که ابتدا به دلیل افزایش قیمت بنزین و حامل های سوخت آغاز شد و سرکوب آن یکی از خونین ترین واکنش های حکومت بود، در یک سخنرانی در درس خارج فقه خود که در محل دفتر رهبری برگزار می کرد معترضان را «اشرار» خواند: «آتش زدن به فلان بانک، این کار مردم نیست، این کار اشرار است؛ این را باید توجه داشت. در یک چنین حوادثی معمولا اشرار، کینهورزان، انسان های ناباب وارد میدان می شوند… هیچکس به این اشرار کمک نکند… اینها اشرارند، این کارها کار مردم معمولی نیست.»
اعتراضات ۱۴۰۰: «بهانه ای به دست دشمن ندهند»
اعترضات تابستان ۱۴۰۰ به علت کم آبی شدید و بحران آب در استان خوزستان بود. آقای خامنه ای در واکنش به این اعتراضات مساله آب را «چیز کوچک» خواند و گفت «مردم مراقبت کنند؛ دشمن از هر چیز کوچکی میخواهد استفاده کند علیه کشور، علیه انقلاب، علیه جمهوری اسلامی، علیه مصالح عمومی مردم؛ مراقب باشند تا دشمن سوءاستفادهای نکند و بهانهای دست دشمنان داده نشود.»
اعتراضات ۱۴۰۱: :«طراحی آمریکا، رژیم صهیونیستی و دنبالهروهای آنها»
در واکنش به اعتراضات شهریور و مهر ۱۴۰۱ که در پی جان باختن مهسا امینی شهروند ۲۲ ساله سقز در بازداشت گشت ارشاد صورت گرفت، آقای خامنه ای با حضور در یکی از پادگانهای تهران گفت «با صراحت میگویم این حوادث طراحی آمریکا، رژیم صهیونیستی و دنبالهروهای آنها است. مشکل اصلی آنها با ایران قوی و مستقل و پیشرفت کشور است. ملت ایران در این حوادث کاملاً قوی ظاهر شد و در آینده نیز هر جا که لازم باشد، شجاعانه وارد میدان خواهد شد… این کسانی که در خیابانها فساد و تخریب میکنند، همه یک حکم ندارند برخی جوانان و نوجوانانی هستند که بر اثر هیجان ناشی از ملاحظه یک برنامه اینترنتی به خیابان میآیند. چنین افرادی را می توان با یک تنبیه متوجه و هدایتشان کرد که اشتباه میکنند.»
آقای خامنهای گفت: «در این حادثهای که پیش آمد، دختر جوانی درگذشت که دل ما هم سوخت اما واکنشِ به این حادثه که بدون تحقیق و بدون اینکه امر مسلّمی وجود داشته باشد، عدهای بیایند خیابانها را ناامن کنند، قرآن آتش بزنند، حجاب از سر زن محجبه بکشند، مسجد و حسینیه و خودروی مردم را به آتش بکشند، یک واکنش عادی و طبیعی نبود.»