واکنش‌های متفاوت و گاه متناقض به اخراج اساتید منتقد از دانشگاه‌ها ادامه دارد؛ برخی مقامات دولتی و حکومتی، ضمن تأیید حذف این اساتید، آن را نتیجهٔ نقش آن‌ها در حمایت از اعتراضات عنوان می‌کنند، برخی دیگر این موضوع را از اساس «غیرصحیح و خبرسازی» می‌خوانند.
همزمان موج انتقادها به این حذف و اخراج اساتید نیز ادامه دارد. در تازه‌ترین مورد، روزنامهٔ «اطلاعات» این موضوع را عامل «صدمه و هزینه‌های افزون و زاید» خوانده و یک استاد سرشناس فلسفه نیز گفته است در آستانهٔ سالگرد جان‌باختن مهسا امینی در بازداشت گشت ارشاد، «انگار برخی افراد و جريانات به‌عمد تلاش می‌كنند بنزین روی آتش خشم جوانان بريزند».
علیرضا سلیمی، عضو هیئت رئیسه مجلس شورای اسلامی، روز سه‌شنبه ۱۴ شهریور موضوع اخراج اساتید را «اخبار غیرصحیح و فضاسازی اصلاح‌طلبان دربارهٔ دانشگاه‌ها» خواند و گفت: «این قبیل اقدامات با انگیزهٔ انتخاباتی و سیاسی انجام می‌شود و هیچ مبنای قانونی ندارد.»
رئیس دانشگاه تهران مدعی شد برخی استادان به علت «مشکل اخلاقی و داشتن شاکی» از کار منع شده‌اند
این در حالی است که علی شمسی‌پور، سخنگوی وزارت علوم، هفتهٔ گذشته با تأیید «اخراج» یا «تعلیق» ۵۸ تن از استادان دانشگاه در دولت ابراهیم رئیسی گفته بود که شماری از آنان در اعتراضات «کنشگری مجرمانه داشتند».
همزمان حسینعلی حاجی‌دلیگانی، یک نماینده دیگر مجلس، نیز گفت فهرست اساتید اخراجی «دقیق نیست و صحت ندارد و این لیست‌ها و فضاسازی‌ها با انگیزه سیاسی انجام شده است».
این در حالی است که یک روز پیش از آن حسن مسلمی نائینی، رئیس جهاد دانشگاهی، خبر حذف و تعلیق اساتید را تأیید کرده و گفته بود «پروندهٔ بعضی از اساتیدی که در اغتشاشات حضور داشتند»، بررسی شده است.
رسانه‌ها و مقام‌های نزدیک به جمهوری اسلامی همواره از اعتراضات مردمی با عنوان «اغتشاشات» یاد می‌کنند.
رئیس جهاد دانشگاهی همچنین به‌طور خاص در مورد اساتید دانشگاه تربیت مدرس گفته بود اگر ثابت شود که این اساتید کاری نکرده‌اند «پرونده بسته یا تعلیق می‌شود» و اگر استاد معترض «دوباره کاری انجام دهد، دوباره این پرونده فعال می‌شود».
واکنش‌ها به حذف و اخراج اساتید از وقتی بالا گرفت که روزنامهٔ «اعتماد» چاپ تهران در ادامهٔ خبرهای پراکنده از حذف اساتید منتقد، اسامی ۵۲ استاد اخراجی دیگر در دولت رئیسی را جمع‌آوری و افشا کرد.
رسانه‌های منتقد داخل کشور از این اقدام حکومت تحت عنوان «نهضت خالص‌سازی دانشگاه» یاد می‌کنند و رسانه‌های نزدیک به حکومت در روزهای گذشته یا از اساس موضوع اخراج اساتید را انکار کرده‌اند و یا از آن تحت عنوان نتیجهٔ نقش آنان در حمایت از اعتراضات حمایت کرده‌اند.
علی‌محمد حاضری عضو انجمن اسلامی مدرسین دانشگاه‌ها در این زمینه به خبرگزاری ایلنا گفته «بحث اخراج اساتید دقیقاً از الگوی خالص‌سازی که در سایر ارکان حاکمیت اتفاق افتاده به دانشگاه‌ها هم تسری پیدا کرده…بنای‌شان بر این است که نیروهای غیرخالص از دید خودشان را که به عنوان مزاحم می‌شناسند، حذف کرده و بر نیروهای خالص بیفزایند.»
پربحث‌ترین واکنش را در این میان رئیس دانشگاه تهران ابراز کرد که روز یکشنبه «هرگونه اخراج» اساتید از این دانشگاه را تکذیب کرد و در عین حال مدعی شد که برخی استادان به علت «مشکلات اخلاقی و داشتن شاکی» از کار منع شده‌اند.
البته او توضیح نداد که این «شاکی» خصوصی است یا دولتی، ضمن آن‌که تاکنون هیچ گزارشی از «مشکلات اخلاقی» استادان اخراجی منتشر نشده است.
در مقابل اما، بیژن عبدالکریمی، استاد سرشناس فلسفه در دانشگاه آزاد اسلامی، با تأکید بر این‌که ممكن است اظهاراتش برای او پیامد سیاسی داشته باشد، با اشاره به زمان حذف اساتید منتقد در آستانهٔ سالگرد اعتراضات سراسری پاییز پارسال گفت: «انگار برخی افراد و جريانات به‌عمد تلاش می‌كنند بنزين روی آتش خشم جوانان بريزند».
