\
نوشتن نامههای گلایه‌ای، انتفادی و اعتراضی به آیت‌الله علی خامنه‌ای و نقد او و جایگاه و کارنامه‌اش در دوران سی و سه ساله رهبری‌اش، بارها خبر ساز شده است. از نامههای تک نفره فعالان سیاسی و فرهنگی و دینی تا نامه چهارده نفر از کنشگران مدنی که در خرداد ۱۳۹۸خواهان استعفای او از رهبری شدند.
از اولین آن‌ها می‌توان به نامه نورالدین کیانوری، دبیرکل پیشین حزب توده اشاره کرد که در روزهای نخستین رهبری علی خامنه‌ای در زمستان ۶۸ با آرزوی «موفقیت در انجام وظائف بسیار دشوار و سنگینی که در این مرحلۀ بی‌اندازه حساس از زندگی میهن عزیز به عهده او گذاشته شده»، از «شکنجه‌های وحشتناک» خود و همسرش مریم فیروز و باقی اعضای حزب توده برای گرفتن «اعترافات اجباری» در زندان‌های جمهوری اسلامی شکایت می‌کند. نامه‌ای که تاثیری در تغییر روند بازجویی و گرفتن اعترافات اجباری در زندان‌های جمهوری اسلامی نداشت.
چند سالی از رهبری او نگذشته که علی‌اکبرسعیدی سیرجانی، نویسنده و پژوهشگر، با اشاره به لحن نامه خامنه‌ای در پاسخ به انتقادات قبلی خود «که حتی قاصد را شرمنده کرده بود و از هر مسلمان با تقوایی بعید مینمود تا چه رسد به رهبر مسلمانان جهان» نوشت: «می‌دانم رهبر جلیل‌القدری که با یک نهیبش نمایندگان مجلس اسلامی در لاک سکوت و وحشت میخزند، البته می‌تواند با تیغ بی‌دریغ تکفیر حمله بر من درویش یک قبا آرد.» سیرجانی چند روز پس از نگارش آخرین نامه خود به رهبر بازداشت شد و در خانه امن وزارت اطلاعات، توسط تیم سعید امامی به قتل رسید.
اعتراض و انتقاد در این سال‌ها اما فقط محدود به فعالان سیاسی و فرهنگی نماند و روحانیت سهیم در برپایی جمهوری اسلامی را هم دربرگرفت.
